通常公正証書で離婚協議書を作成する場合は離婚届を出す前に作成します。
公証役場に夫婦二人で出向き、公証人の方と打合せ等を行い、公証人の前で署名、捺印を行います。離婚届の提出はそのあとになります。
ただ場合によっては離婚届を先に出してしまうケースもあり得ます。その場合後から公正証書は作成できるのでしょうか?

離婚届を出した後でも公正証書は作れるか?
結論から言えば、離婚届を出した後でも公正証書にて離婚協議書を作成する事は可能です。
離婚公正証書とは言ってしまえば、相互に離婚に伴い取り決めした権利義務や事実について証明する文章です。
離婚の前に取り決めをしたことを証明する事はもちろん。離婚の後に取り決めしたことも当然公正証書にして証する事ができます。
離婚届を先に出すケース
通常は公正証書を作ってから離婚届を出すのが普通ですが、離婚届が先になるケースとはどのようなケースが考えられるのでしょうか。
例えば、子供の入学、進学が控えていて新しい苗字で入学、進学をさせてあげたいというケースや
離婚してひとり親家庭にならないと児童扶養手当をはじめとする様々な補助を受ける事ができないケースなどが考えられます。
このような事情がある場合は先に離婚届を出す事もあり得るかと思いますが、その際にはあらかじめ専門家に相談をしてからの方がよいかと思います。
先に離婚届を出す際の注意点

上記の様なケースでは先に離婚届を出す事もあるかもしれませんが、一般的には離婚届は最後の最後に出した方が安全です。なぜなら離婚をしてしまうことで配偶者とその後連絡が取れなくなり音信不通になる事も想定できるからです。
離婚した後に色々決めようね。と約束していたにも関わらず配偶者がいなくなってしまったり、公正証書の作成に非協力的だったりする場合は、養育費や財産分与に関する調停や審判を行うことになります。そうなると交渉が長期化し複雑になりますので、できる事であれば公正証書を作成した後に離婚届を提出する方が安全です。